La population de la réserve est estimée à environ 25000 habitants avec 51% de femmes. Ces populations vivent dans des localités lacustres pour la plupart accessible uniquement via les voies lagunaires et cours d’eau qui servent ainsi de voies de communication. Les pirogues et barques sont donc les moyens de transport utilisés. On rencontre dans ces localités comme groupes socio-culturels les Xwla et les Xwéla qui dérivent tous du grand groupe ethnique Adja. Les Xwla sont les ethnies majoritaires dans la réserve et sont réparties un peu partout. Les Xwéla sont également très représenté et plus localisé dans l’arrondissement de Gbéhoué. Les autres groupes rencontrés sont les Ouatchis, les Mina, les Adja et les fon. On retrouve également le long du littoral plusieurs minorités ethniques venues du Ghana et qui pratiquent la pêche maritime artisanale.
D’un point de vue religieux les adeptes des religions endogènes viennent en tête suivi du christianisme avec une forte proportion de chrétiens évangéliques.
Il est important de souligner qu’il existe de fortes relations entre les populations de la réserve quand bien même ceux-ci sont situées dans des communes différentes notamment Grand-Popo d’une part et Comè, Ouidah, Kpomassè puisqu’ils parlent les mêmes langues et pratiquent quasiment les mêmes activités ce qui facilite d’ailleurs les échanges commerciaux.
