En se référant aux normes de l’IUCN la réserve est classée prioritairement dans la catégorie VI compte tenu de son principal objectif de gestion qui est l’utilisation durable des écosystèmes basée sur des initiatives locales de gestion. Le système de zonage de l’aire permet de distinguer les aires centrales et les zones tampons. Les aires centrales sont essentiellement dédiées à la conservation intégrale des ressources naturelles et de la biodiversité à travers la restauration, la promotion de l’éducation à l’environnement, de l’écotourisme ainsi que la recherche. Les zones tampons ont pour vocation de contribuer à l’utilisation durable des mangroves, la promotion de l’éducation à l’environnement et de l’écotourisme, le reboisement et le développement des activités socio-économiques compatibles avec la conservation des ressources naturelles.

La gestion de l’aire est déléguée à l’Association de Conservation et de Promotion de l’aire communautaire de conservation de la biodiversité de la Bouche du Roy (ACP Doukpo) qui sert d’interface entre les Mairies qui sont les maitres d’ouvrage et le Centre National de Gestion des Réserves de Faune (CENAGREF) qui est l’organe étatique accrédité pour la gérance des réserves de biosphère.